Proteger a los niños del maltrato y de los abusos sexuales es una preocupación principal en la cooperación para el desarrollo. Según la Organización Mundial de la Salud (OMS), el 10% de todos los niños y el 20% de todas las niñas de todo el mundo son víctimas de abuso sexual o maltrato. Los niños que viven en instituciones o que son atendidos enfrentan un mayor riesgo de abuso. Las organizaciones que trabajan en la cooperación para el desarrollo están obligadas a apoyar programas de protección de los niños y a proteger a todas las niñas y niños que participan en sus proyectos de los abusos.

Kindernothilfe apoya numerosos programas de protección y hace todo lo posible para evitar que los niños involucrados en sus proyectos en el extranjero y en sus actividades en alemania sean víctimas de abuso sexual y maltrato. La Política de Protección de Menores de Kindernothilfe constituye la base para las actividades de protección infantil. Todos los miembros del personal en Alemania y en el extranjero se sensibilizarán sobre las formas de prevenir el abuso sexual y el maltrato, y aprenderán a informar las preocupaciones y los casos sospechosos de una manera transparente, al mismo tiempo que  se capacitarán en cómo tratar los casos de abuso y maltrato que puedan ocurrir dentro del ámbito de trabajo de la organización. Dentro del concepto, la protección infantil así como el tratamiento psicológico y médico y la rehabilitación, son las principales preocupaciones.

Kindernothilfe capacita a todas las organizaciones asociadas de todo el mundo para ayudarles a desarrollar e implementar sus propias políticas de protección infantil.

El Oficial de Protección Infantil de Kindernothilfe coordina todas las actividades relacionadas con la prevención y el manejo de casos. Los sospechosos de abuso sexual y maltrato infantil también pueden ser reportados a un Ombudsman independiente.

Además, Kindernothilfe participa en las alianzas internacionales de Protección del Niño de Ecpat y Keeping Children Safe.